À la Renaissance, on distingue la cuisine dite « bourgeoise » de la cuisine populaire, qui accommode les abats, alors considérés comme « bas morceaux », parmi lesquels les « tripes » immortalisées par François Rabelais au début de son Gargantua. Gargamelle donne naissance à son fils Gargantua après avoir mangé « grand planté de tripes »7. La première édition de Pantagruel, publiée à Lyon en 1532 avant Gargantua, est inspirée des aventures à caractère comique qu'il raconte aux malades de l'Hôtel-Dieu de Notre-Dame de la Pitié du Pont-du-Rhône à Lyon où il est médecin, inspiré, dit-on, du comportement des Lyonnais. Il évoque encore la cuisine lyonnaise en citant une liste de plats : « saucissons, cervelas, jambons, andouilles, hures de sangliers, gigots à l'aillade, fressures, fricandeaux, gras chapons au blanc mangier, hochepots, carbonades, cabirotades, hastereaux, gibiers à poil et à plumes, esclanches (gigot farci), carpes farcies, lavarets, recuites (fromages aromatisés avec des feuilles de pêcher), craquelins et macarons (pâtisseries sèches), pâtes de fruit, bugnes, etc»8. Érasme (1469-1536), l'humaniste de la Renaissance, loue les cuisiniers de la ville : « On n'est pas mieux traité chez soi qu'on ne l'est à Lyon dans une hôtellerie. La mère de famille arrive d'abord pour vous saluer, nous priant d'être de bonne humeur et d'agréer de qu'on vous servira. La table est en vérité somptueuse »9. La ville possède des quartiers spécialisés dans le traitement de certaines denrées comme en témoignent, encore aujourd'hui, des noms de lieu : rue de la Fromagerie10, rue de la Poulaillerie11, rue Mercière12, etc. La tradition culinaire italienne arrive au début du XVIIe siècle quand, en 1600, le mariage du roi Henri IV avec l'Italienne Marie de Médicis est célébré à Lyon : la nouvelle reine de France apporte « entre autres, l'artichaut que les Lyonnais ont marié avec le foie gras » 13.
C'est au XVIIIe siècle que les glaces sont introduites à Lyon par l'Italien Spreafico14, au moment où la réputation culinaire de Lyon nait véritablement avec la publication d'un poème de Joseph de Berchoux. Ce Roannais, né en 1760, est installé à Lyon vers 1770. Son œuvre, Gastronomie ou l'homme des champs à table, traduite en plusieurs langues, introduit l'idée du « bien manger » à la française et rend universel le terme de gastronomie. Il précède Brillat-Savarin15 et Grimod de la Reynière16 qui vont perpétuer cet éloge de l'art de bien manger, cet art propre à l'individualisme bourgeois, caractéristique de la société française du XIXe siècle. Berchoux place la ville au centre de la gastronomie française :
« Voulez-vous réussir dans l'art de que je professe ?
Ayez un bon château dans l'Auvergne ou la Bresse,
Ou plutôt près de lieux où Lyon voit passer
Deux fleuves amoureux tout prêts à s'embrasser ;
Vous vous procurerez sous ce ciel favorable
Tout ce qui peut servir aux douceurs de la table. »
